肇源县中医医院始建于1979年5月。2009年争取国家、省专项资金和县匹配资金共4292万元，于同年异地新建，总占地面积24544平方米，总建筑面积17824平方米，门诊、住院各5层，设置床位200张。
中医院为集医疗、科研、教学、预防为一体的二级甲等中医医院。曾荣获中华医学管理学会授予的“百姓放心医院”、省中医药管理局授予的“全省中医药工作先进单位”、“全市急诊急救工作先进单位”，“医疗器械使用环节质量信得过单位”等荣誉称号。医院先后与哈尔滨医科大学附属一院、四院，黑龙江省中医院，黑龙江省中医药大学附属一院、附属二院，大庆市中医医院结成协作医院，是新农合、医保、人寿保险定点医院。
医院现有医院现有职工339人，正式职工153人，聘用人员187人，中级以上职称98人，其中正高职20人（医17护3），副高职43人（医23护15技2），中级职称35人（医13药4技2），初级37人（医25护3药4技5）每床卫生技术人员配比115%。现有医师87人，其中中医执业人员41人，中医执业人员占医师总数的比例为47%。
医院设置床位200张，开放床位300张。医院设置内、外、妇、儿、急诊、创伤、肛肠、皮肤、康复、眼科、五官科、口腔科、中医熏蒸、医保、治未病等20个临床科室，外科、内科、妇产科、创伤科、急诊科等共设8个住院病区。同时设置核磁、放射线、化验室、病理、物理诊断等8个医技科室。其中中医肛肠科为省级重点专科，下一步我院将重点打造以治未病科为中心的健康体检中心，以康复科为中心的康复诊疗中心。
医疗设备有荷兰飞利浦全身16排螺旋CT机、DR数字成像系统、多功能X射线高频胃肠系统、全身磁共振诊断仪、四维彩超机、电子纤维内窥镜、全自动生化分析仪、全血细胞分析仪、病理切片机、C型臂术中定位X线机、进口全身麻醉机、微电脑多功能腰椎治疗机等，中医药特色设备有经络诊断治疗、骨质疏松检测和治疗仪、动脉硬化检测仪、体质辨识等设备仪器等，拥有现代化的洁净层流手术室8间。
自搬迁新址以来，中医院以“打造全国县级一流中医医院”为发展目标，以“构建和谐医院，恪守为民情怀”为办院宗旨，以“医者仁心，患者称心”为服务理念，不断提高医疗服务能力，深化内部运行机制，完善基础设施建设，各项工作均取得较好成绩，医院患者满意度不断提高，目前已成为当地预防、诊断、治疗为一体的中医品牌医院。